Araştırmacılar İçin Bilim modülüne hoş geldiniz.
Bir araştırmanın yayımlanabilmesi ile aynı çalışmanın başka bir araştırmacı tarafından tekrarlanabilmesi arasında önemli bir ayrım vardır. Makalelerin yöntem bölümleri deneyin temel koşullarını ve uygulanan yaklaşımı aktarsa da, uygulamada ortaya çıkan bazı ayrıntılar her zaman yayın metnine yansımayabilir: dokunun alındıktan kaç dakika sonra işlendiği, hücrenin hangi pasajda deneye girdiği, besiyerinin hangi serum lotuyla hazırlandığı gibi. Hesaplamalı çalışmalarda ise kullanılan yazılım ve paket sürümleri, veri ön işleme adımları ve analiz parametreleri benzer bir izlenebilirlik ihtiyacını doğurur. Bu ayrıntılar her çalışmada sonucu değiştirmez fakat sonuç beklenenden farklı çıktığında, farkın nereden geldiğini gösterecek bilgi çoğu zaman buradadır.
Bu ayrım yalnızca teorik bir tartışma değildir. Reproducibility Project: Cancer Biology çalışması kapsamında, 2010-2012 yılları arasında yüksek etki faktörüne sahip dergilerde yayımlanmış, kanser biyolojisi alanındaki 53 makaleden seçilen 193 deneyin bağımsız laboratuvarlarda tekrarlanması planlandı. Araştırmacılar, bu 193 deneyin hiçbirinin orijinal makaledeki bilgiler kullanılarak, orijinal yazarlardan ek açıklama alınmadan bir replikasyon protokolü tasarlamaya yetecek ayrıntıda tanımlanmadığını bildirdi. Projenin yürütülmesi sırasında karşılaşılan diğer veri, materyal ve yöntem sorunları nedeniyle planlanan 193 deneyin sadece 50’si tamamlanabildi.
Bu bulgu, yayımlanmış makalelerin yöntem bölümlerinin değersiz olduğunu değil, yayımlanmış bir yöntemin, araştırma sürecinin bütün ayrıntılarını tek başına kapsamayabileceğini gösterir. Makale, araştırmanın tasarımını, kullanılan yöntemleri ve elde edilen bulguları bilimsel iletişime taşırken araştırma kaydı, bu yöntemlerin laboratuvarda veya analiz ortamında nasıl uygulandığını, süreç içerisinde hangi kararların alındığını ve plandan ne gibi sapmalar olduğunu izlenebilir kılar.
Kadın sağlığı araştırmalarında bu durumun ayrı bir önemi vardır. Endometriozis başta olmak üzere yeterince fonlanmayan hastalıklarda çalışma grupları dar, biyolojik örneğe erişim kısıtlı ve kaynaklar sınırlıdır. Böyle bir alanda kaybedilen tek bir örnek dahi sadece bir deneyin değil, çoğu zaman aylar süren bir emeğin ve nadir bir araştırma fırsatının kaybıdır. Bu nedenle metodolojik titizlik, iyi bir araştırma pratiği olmakla beraber araştırma kaynaklarını korumanın da bir parçasıdır.
Modülün Hedefi
Tezgahta deneyleri aksatan etkenler çoğu zaman büyük kavramsal yanılgılar değildir. Çok kuyucuklu plakanın kenar sıralarında oluşan buharlaşmaya bağlı kenar etkisi (edge effect), fark edilmemiş bir tampon çökelmesi ya da biyogüvenlik kabinindeki hava akışını etkileyen küçük bir hareket deney sonucunu etkileyebilir.
Uluslararası literatürde kapsamlı kılavuzlar ve geniş protokol arşivleri mevcut. Ancak tezgah başındayken hızla başvurulabilecek, teorik bilgiyi uygulamadaki karşılığıyla birlikte sunan ve Türkçe hazırlanmış derli toplu bir kaynak alanı hala sınırlı. Araştırmacılar İçin Bilim modülü bu boşluğa pratik ve kaynaklandırılmış bir katkı sunmak amacıyla tasarlandı.
İster laboratuvardaki ilk bağımsız projesini yürüten bir araştırmacı olalım, ister uzun süredir laboratuvar pratiğinin içinde olup kullandığımız bir yöntemi veya optimizasyon parametresini yeniden değerlendirmek isteyelim, ortak ihtiyacımız güvenilir verinin nasıl üretileceğini, kayıt altına alınacağını ve gerektiğinde yeniden değerlendirilebileceğini bilmek. Bu modülün amacı, günlük araştırma pratiğinde başvurulabilecek, kaynaklandırılmış ve yöntemsel açıdan güvenilir bir zemin sunmaktır.
Modülün İçeriği
İçeriklerimiz laboratuvarın temel işleyişinden (bench fundamentals) başlayarak Good Cell and Tissue Culture Practice 2.0 (GCCP 2.0) çerçevesine, fonksiyonel in vitro analizlere, veri analizine ve metodolojik doğrulama süreçlerine uzanan bir kapsamda ilerleyecek.
Burada yer alan protokoller ve metodolojik yazılar ilgili alandaki hakemli yayınlar, güncel kılavuzlar ve güvenilir yöntem kaynakları (Freshney’s Culture of Animal Cells, Good Cell and Tissue Culture Practice 2.0, NIH Assay Guidance Manual, Nature Protocols gibi) temel alınarak hazırlanacaktır. Terminoloji, literatür takibini kolaylaştırmak amacıyla ilk kullanımda Türkçe karşılığı ve parantez içinde İngilizce özgün terimiyle verilecektir.
Önemli Not: Bu platformdaki içerikler metodolojik rehberlik amacı taşır. Her hücre hattı, laboratuvar ortamı, cihaz ve reaktif lotu kendine özgü davranabileceğinden, protokoller kendi laboratuvar koşulları ve kullanılan materyaller açısından uygunlukları değerlendirilerek uygulanmalıdır. Yazılar dayandıkları kaynaklar ve mümkün olduğunda kaynakların sürüm veya güncelleme bilgileriyle birlikte sunulacak, literatür ve yöntemlerdeki gelişmeler doğrultusunda periyodik olarak gözden geçirilecektir.
Modülün içeriğini yalnızca mevcut kaynakları aktarmakla sınırlı tutmak istemiyoruz. Tekrarlanabilirlik sorunu yaşadığınız bir deney, uygulamada karşılaştığınız belirli bir teknik sorun veya ele alınmasını istediğiniz bir yöntem varsa bunu iletişim kanallarımız üzerinden bize iletebilirsiniz. Böylece içerikler, araştırma pratiğinde karşılaşılan gerçek ihtiyaçlar doğrultusunda zaman içinde genişleyebilir.
Buradaki içerikler laboratuvar ve araştırma pratiğine yöneliktir. Hastalıklar, belirtiler ve tedavi süreçleri hakkında genel bilgi için Toplum İçin Bilim modülüne göz atabilirsiniz.
Kaynakça
- Capes-Davis, A., & Freshney, R. I. (2021). Freshney’s Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique and Specialized Application (8th ed.). Wiley.
- Errington, T. M., Denis, A., Perfito, N., Iorns, E., & Nosek, B. A. (2021). Challenges for assessing replicability in preclinical cancer biology. eLife, 10, e67995. https://doi.org/10.7554/eLife.67995
- Errington, T. M., Mathur, M., Soderberg, C. K., Denis, A., Perfito, N., Iorns, E., & Nosek, B. A. (2021). Investigating the replicability of preclinical cancer biology. eLife, 10, e71601. https://doi.org/10.7554/eLife.71601
- Markossian, S., Grossman, A., Arkin, M., et al. (Eds.). (2004–). Assay Guidance Manual. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53196/
- Pamies, D., Leist, M., Coecke, S., Bowe, G., Allen, D. G., Gstraunthaler, G., Bal-Price, A., Pistollato, F., de Vries, R. B. M., Hogberg, H. T., Hartung, T., & Stacey, G. (2022). Guidance document on Good Cell and Tissue Culture Practice 2.0 (GCCP 2.0). ALTEX, 39(1), 30–70. https://doi.org/10.14573/altex.2111011
